TL;DR
- v1 نوع اعلام:.
- جدید چکیده:.
- اطلسهای آشفتگی تک سلولی ادغامشده عمومیمنابع ارزشمندی برای مطالعه عملکرد فاکتور رونویسی (TF) هستند،.
چه اتفاقی افتاد
v1 نوع اعلام:. جدید چکیده:.
اطلسهای آشفتگی تک سلولی ادغامشده عمومیمنابع ارزشمندی برای مطالعه عملکرد فاکتور رونویسی (TF) هستند،. اما تحلیل مجدد پاییندستی را میتوان با فرادادههای سپردهشده ناقص و کنترلهای داخلی از دست رفته محدود کرد.
در اینجا ما مجموعه داده TF Atlas انسانی (GSE216481) را دوباره تجزیه و تحلیل میکنیم،. یک صفحه نمایش بیان بیش از حد ادغام شده مبتنی بر MORF که 3550 فریم خواندن باز TF.
و 254519 سلول را در بر میگیرد،. با یک خط لوله قابل تکرار برای کنترل کیفیت،.
بارکد MORF demultiplexing،. بیان متفاوت غنی سازی در هر TF.
از 77018 سلول در صفحه تلفیقی، 60997 (%79. 2) را به 87 هویت TF اختصاص میدهیم.
از آنجا که نگاشت بارکد رسوبشده فاقد کنترلهای منفی GFP و mCherry موجود در کتابخانه اصلی است،. از سلولهای بدن جنینی (EB) بهعنوان خط پایه خارجی استفاده میکنیم و با تفریق پسزمینه،.
مصنوعات دستهای/ترانسداکشن مشترک را حذف میکنیم. این استراتژی امضاهای خاص TF را برای 59 مورد از 61 TF قابل آزمایش بازیابی میکند،.
در مقایسه با 27 مورد شناسایی شده توسط یک در مقابل استراحت به تنهایی،. که نشان میدهد سیگنال قوی در سطح TF با وجود از دست دادن کنترلهای درون استخری قابل نجات.
است. HOPX،.
MAZ،. PAX6،.
FOS و FEZF2 بهعنوان قویترین بازسازیکنندههای رونویسی ظاهر میشوند،. در حالی که غنیسازی هر TF FEZF2 را به تنظیم تمایز،.
EGR1 به کرگدن و برنامههای قلبی،. FOS به چسبندگی کانونی و NFIC به بیوسنتز کلاژن پیوند میدهد.
تجزیه و تحلیل در سطح شرایط،. امضاهای Wnt،.
نوروژنیک،. EMT و Hippo همگرا را نشان میدهد و هارمونی حداقل اثرات دستهای مخدوشکننده را در سراسر تکرارهای ترکیبی.
نشان میدهد. اندازههای اثر هر TF ما بهطور قابل توجهی با رتبهبندی منتشر شده جونگ و همکاران مطابقت.
دارد (Spearman $\rho = -0. 316$، $p = 0.
013$؛ منفی زیرا رتبه پایینتر نشان دهنده اثر قویتر است). با هم،.
این نتایج نشان میدهد که دادههای TF Atlas سپردهشده میتوانند از اعتبار TF خاص پشتیبانی کنند تحلیلهای رونویسی. و مسیر زمانی که با کنترلهای خارجی اصولی،.
حذف مصنوعات،. و محاسبات تکرارشونده جفت شوند.
چرا مهم است
اهمیت این خبر در این است که روی استفاده واقعی از AI و تصمیمگیری سازمانی اثر میگذارد.
منبع
لینک منبع اصلی در کارت و صفحه مقاله نمایش داده میشود.